El CNEM disposa d’un spa per relaxar-se i posar-se en forma amb una piscina coberta on s’hi fan activitats dirigides i hi ha estones per al lleure. Igual que la piscina olímpica exterior, la coberta és d’aigua salada, cosa que permet gaudir dels avantatges de l’aigua de mar.
A la piscina coberta es realitzen els cursos de natació per a nadons i infants a l’hivern, en horari extraescolar. També s’hi practiquen activitats dirigides, com l’aiguagim, i els entrenaments personals a l’aigua per a la recuperació de lesions.
El circuit termal disposa d’aquestes instal·lacions: